Pierwszą mszę św. jesienią 1956 roku odprawił ksiądz Michał Pasławski. Należał on do tej grupy księży greckokatolickich, którzy nie mając możliwości duszpasterzowania w swoim własnym obrządku, czasowo przenieśli się do obrządku rzymsko-katolickiego. Kiedy jednak pojawiła się możliwość powrotu, podejmowali swoje duszpasterskie obowiązki wśród grekokatolików. Ksiądz Pasławski przyjeżdżał do Zielonej Góry w niedzielę raz w miesiącu. Jego posługa ograniczała się do minimum. Było to spowodowane uciążliwymi dojazdami, niemłodym wiekiem duchownego i obsługą dodatkowo dwóch parafii w Skwierzynie i Międzyrzeczu.

Mimo rozproszenia i trudności z komunikacją wiadomość o planowanej mszy św. szybko rozniosła się wśród grekokatolików z najbliższych okolic. Zjechało się około 1500 osób, po brzegi wypełniając kościół Matki Boskiej Częstochowskiej. Tylko część obecnych była mieszkańcami Zielonej Góry, większość stanowili przyjezdni z okolic Nowej Soli, Kożuchowa i Nowogrodu Bobrzańskiego. Deportowani w okolice Zielonej Góry pochodzili przede wszystkim z Łemkowszczyzny. Najwięcej osób swoje korzenie miało we wsi: Pantna, Smerekowiec, Ropica, Małastów. Znaczną część przesiedlonych stanowili mieszkańcy miejscowości Ulucz koło Sanoka.

Ta pierwsza msza św. odprawiona w Zielonej Górze w rycie greckokatolickim, miała charakter incydentalny. W miarę systematyczne duszpasterstwo rozpoczęło się w 1957 roku, kiedy nastąpiła liberalizacja postępowania ówczesnych władz wobec Kościoła. Z powodu braku księży, po śmierci księdza Pasławskiego w 1961 roku, działalność duszpasterstwa grekokatolickiego w Zielonej Górze na rok została zawieszona. Latem 1962 roku do Skwierzyny z Mazur przeniósł się ksiądz Grzegorz Fedoryszak i to on objął placówki duszpasterskie po księdzu Pasławskim. Sposób obsługi duszpasterskiej był podobny jak za poprzednika. W 1967 roku ze względu na ciężką chorobę ksiądz Fedoryszak nie był w stanie podołać dalej swoim obowiązkom. Zielona Góra znów została pozbawiona duszpasterza. Od lata 1967 roku do wiosny 1968 roku w Zielonej Górze nie było systematycznych nabożeństw. Tylko z okazji większych świąt przyjeżdżali tu księża z odległych parafii.

Jesienią 1967 roku i zimą 1968 roku kilka razy w Zielonej Górze przebywał ksiądz Bazyli Hrynyk, wikariusz generalny prymasa Polski dla wiernych obrządku greckokatolickiego. Oprócz odprawiania mszy św. odbył też pierwszą kolędę, odwiedzając wiernych w ich domach. W tym czasie do Zielonej Góry sporadycznie dojeżdżali księża: Michał Werhun, Teodor Majkowicz i Andrzej Rożak. Ten ostatni celebrował w zielonogórskiej parafii nabożeństwa na Wielkanoc 1968 roku.

Regularne duszpasterstwo w Zielonej Górze rozpoczął po świętach wielkanocnych 1968 roku ksiądz Piotr Maziar. W każdą niedzielę przyjeżdżał z Przemkowa, gdzie mieszkał z rodziną. Mając dobry kontakt z księdzem infułatem Władysławem Nowickim, proboszczem rzymskokatolickiej parafii św. Jadwigi, do której należał kościół Matki Bożej Częstochowskiej, ksiądz Maziar przeniósł nabożeństwa do kościoła św. Jadwigi. Stwarzało to możliwość dopasowania godzin korzystania ze świątyni z rozkładem jazdy pociągów, którymi dojeżdżał.

W 1970 roku ksiądz Maziar obchodził jubileusz osiemdziesiątych urodzin. Po uroczystościach parafialnych odbył podróż do Rzymu, odwiedzając syna Romana ze Zgromadzenia Księży Salezjanów. Po powrocie osłabł i nie posługiwał już więcej w Zielonej Górze. W tym czasie zastępował go ksiądz Jarosław Wodonos z Wrocławia. Ksiądz Piotr Maziar nie odzyskał sił i zmarł 2 grudnia 1971 roku. Po jego śmierci ksiądz Wodonos już na stałe przejął obowiązki duszpasterskie w Zielonej Górze, nadal przybywając tu z Wrocławia. Za jego kadencji w zielonogórskiej parafii 27 września 1975 roku dwaj bracia Wasyl i Stefan Pidłypczakowie przyjęli święcenia kapłańskie (w zakonie Ojców Bazylianów obrali imiona: Orest i Mirosław). To optymistyczne wydarzenie miało duży wpływ na podniesienie ducha greckokatolickiej społeczności.

Znaczna odległość, jaką musiał pokonywać każdej niedzieli ksiądz Wodonos, ujemnie wpływała na jakość duszpasterstwa. Bywało, że kapłan spóźniał się albo w ogóle nie dojeżdżał do Zielonej Góry. Zdarzały się też takie sytuacje, w których liturgia greckokatolicka ze względu na opóźnienie kolidowała z rzymskokatolicką. Dlatego proboszcz parafii św. Jadwigi zaproponował przeniesienie nabożeństw do bocznej kaplicy z osobnym wejściem i możliwością bezkolizyjnego funkcjonowania. W kaplicy sporadycznie odbywały się także lekcje religii dla dzieci.

Pozytywna zmiana sytuacji w zielonogórskiej parafii nastąpiła w listopadzie 1977 roku. W tym czasie do Zielonej Góry przeniósł się i zamieszkał tu na stałe ksiądz Andrzej Rożak. Przebywając na miejscu mógł wreszcie zagwarantować systematyczność i pewność duszpasterskiej posługi. Oprócz Zielonej Góry ksiądz Rożak obsługiwał jeszcze każdej niedzieli Przemków i raz w miesiącu Szprotawę. Ze względu na podeszły wiek i duże obciążenie obowiązkami poprosił o pomocnika. Taka możliwość pojawiła się w 1984 roku, kiedy wyświęcono pięciu nowych greckokatolickich kapłanów.

Do Zielonej Góry trafił ksiądz Julian Hojniak. Każdej niedzieli dojeżdżał do Przemkowa i do nowo utworzonej parafii w Głogowie. Równocześnie przejął obowiązki katechezy we wszystkich podległych parafiach i codzienne duszpasterstwo w Zielonej Górze, został mianowany proboszczem parafii w Przemkowie i Głogowie, a na jego miejsce do pomocy księdzu Rożakowi przydzielono neoprezbitera Bogdana Miszczyszyna.

Rok później ksiądz Rożak poprosił o zwolnienie z obowiązków proboszcza greckokatolickiej parafii w Zielonej Górze. Na jego miejsce powołano księdza Juliana Hojniaka, który funkcję tę pełni po dzień dzisiejszy.